サブタイトルエリアもしくはフッタ/サイドバーエリアに表示することができます。

基本設定のサブタイトルエリアもしくはフッタ/サイドバーエリア欄に、以下のように記述ください。

<blogroll:XXXXXXXX>

※XXXXXXXXの部分は、「コード生成」で
<!--
var blogroll_channel_id = XXXXXXXX;
// -->
と表示される部分のXXXXXXXXです。

livedoorサーバーのdefault.cssは読み込まれない設定にしています。
デザインを変更したい場合は、必要なクラス指定をデザイン>CSS編集から追加して下さい。
例:リストの先頭のマーカーを非表示にしたい→以下の表記を追加

.blogroll-list-wrap{
list-style:none;
}

リスト表示設定の詳細はLivedoor Blogrollのヘルプをご覧ください。